"Песнь Аполлона" — это мрачное, философское путешествие по лабиринтам человеческой души. Тикаиси Сёго, студент, чье детство было искалечено жестокостью и холодом, живет, отвергая любое проявление любви. Его психика настолько изувечена, что при виде близости он реагирует агрессией. Он пребывает в отношениях без чувств, лишь ради выживания, пока не совершает непоправимое — становится причиной гибели Ватари Хироми, подруги детства, искренне влюблённой в него.
После этого судьба наносит ответный удар — в дело вмешиваются боги. За своё презрение к любви Сёго получает проклятие: снова и снова перерождаться, но каждый раз влюбляться в одну и ту же женщину, теряя её до того, как сможет быть с ней навсегда. Его души суждено скитаться сквозь века — от нацистских лагерей до мрачных технократических обществ будущего, в которых клонирование заменило человечность. Каждое новое рождение становится одновременно и пыткой, и шагом к очищению.